INRAE-CBGP (France)

Nathalie CHARBONNEL (Coordinatrice de BioRodDis)

Directrice de recherches en écologie évolutive des interactions hôtes-parasites

nathalie.charbonnel@inrae.fr

Nathalie Charbonnel développe des recherches en écologie de la santé. Elle étudie les interactions entre rongeurs et pathogènes dans le contexte des zoonoses liées aux rongeurs, et en particulier des zoonoses (ré)-émergentes. Elle décrit la variabilité spatio-temporelle de ces interactions et analyse les processus écologiques et évolutifs, neutres et adaptatifs, qui façonnent les patrons observés dans les populations sauvages. Elle s'intéresse particulièrement à l'hétérogénéité des réponses immunitaires entre rongeurs sauvages, grâce à des approches phénotypiques et génomiques. Ainsi, ses recherches permettent de mieux comprendre et évaluer l'impact de la variabilité immunitaire, des co-infections et du microbiote sur la sensibilité des rongeurs aux pathogènes.

https://www6.montpellier.inrae.fr/cbgp/Personnel/Personnel-permanent/Charbonnel

Guillaume CASTEL

Chercheur en virologie

guillaume.castel@inrae.fr

Guillaume Castel analyse la diversité des orthohantavirus et les processus évolutifs qui façonnent cette diversité. Il déploie des approches génomique grâce au séquençage haut-débit. Il développe et applique des méthodes de phylogénie et de phylogéographie pour comprendre les liens entre l'évolution virale, mes modes de transmission et l'origine / la diffusion des épidémie. Il a intensément travaillé sur l'orthohantavirus Puumala, dont le réservoir sauvage spécifique est le campagnol roûssatre Myodes glareolus et qui entraîne entre 50 et 200 cas humains de Néphropathie Epidémique chaque année en France. Plus spécifiquement, ses recherches sur le virus Puumala visent à caractériser la distribution et la diversité génétique de ce virus, et à identifier les facteurs biotiques et/ou environnementaux qui influencent son évolution.

https://www6.montpellier.inrae.fr/cbgp/Personnel/Personnel-permanent/Castel

Romain GALLET

Chercheur en écologie des interactions microbiennes

romain.gallet@inrae.fr

Romain Gallet développe des recherches en écologie et évolution des microorganismes pathogènes, qu’ils soient bactériens, viraux ou fongiques. Ses thèmes de recherche de prédilection sont: la coévolution antagoniste, l'évolution expérimentale, l'adaptation des microorganismes aux variables biotiques et abiotiques, et l'étude du microbiote.

https://sites.google.com/site/rgallet/home

https://orcid.org/0000-0002-7419-7403

Maxime GALAN

Ingénieur de recherches en biologie moléculaire

maxime.galan@inrae.fr

Maxime Galan développe, met au point et applique des protocoles innovants de biologie moléculaire permettant d'étudier la variabilité génétique des populations naturelles (vertébrés, pathogènes et régime alimentaire). Ces méthodes incluent la caractérisation des séquences nucléiques, le génotypage ou l'expression génique de marqueurs moléculaires, à l'échelle de quelques gènes ou des génomes/transcriptomes. Il est très investi dans l'utilisation des technologies de séquençage de dernière génération et leurs applications (metabarcoding, séquençage d'amplicons, 16S, RADseq, Génotypage par Séquençage, RNAseq).

https://www6.montpellier.inrae.fr/cbgp/Personnel/Personnel-permanent/Galan

Julien PRADEL

Technicien de la recherche Terrain et Collection

julien.pradel@inrae.fr

Julien Pradel a une grande expertise en capture de rongeurs. Il est responsable de la traçabilité des échantillons, de l'archivage des données environnementales, des cooronnées GPS et des mesures morphométriques et environnementales. Il assure la qualité des données et les rend FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Il est également au coeur des interactions avec les acteurs locaux et parties prenantes de nos projets sur le terrain.

Sylvain PIRY

Ingénieur de recherches en gestion de données

sylvain.piry@inrae.fr

Sylvain Piry développe de nouvelles méthodes dans le domaine de la génétique du paysage, afin d'évaluer l'influence du paysage sur les flux de gène et la structure génétique des populations naturelles. Il travaille à temps partiel à Avignon sur la santé des plantes. Il développe également des méthodes d'analyse des données de séquençage haut-débit (séquençage d'amplicons) qui alimentent différentes thématiques de recherches (ADN environnemental et régime alimentaire, analyse de la diversité des virus de plantes ou d'animaux). Il est responsable de la base de données 'petits mammifères' du CBGP. Il a construit la base de données et l'interface utilisées par les projets PeerCommunityIn qui proposent une nouvelle méthode d'évaluation et de révision des articles scientifiques (voir https://peercommunityin.org/current-pcis/).

https://orcid.org/0000-0002-7717-7555

https://www1.montpellier.inra.fr/CBGP/software/MAPI/index.html

Etudiants

Ferrero Julien- 2021- Diversité et composition du microbiote intestinal des communautés de rongeurs de deux parcs urbains (Lyon, France).